En 2007, la Cour des comptes a mené une étude horizontale sur douze services de l'État à gestion séparée. Le rapport de cette étude figure dans le 164e Cahier de la Cour des comptes.

L'étude a montré que la réglementation relative à la comptabilité, à la gestion financière et à la rédaction de rapports, ainsi qu'à l'organisation administrative et au contrôle doivent être sérieusement adaptés et uniformisés. La nouvelle loi sur la comptabilité, du 22 mai 2003, va en grande partie dans ce sens mais elle n'est pas encore entrée en vigueur. La Cour des comptes a vérifié en 2008 s'il a été donné suite à ses recommandations de 2007.

Le 28 février 2008, le ministre du Budget a répondu qu'il partageait les constats établis en 2007 par la Cour des comptes et qu'il trouvait pertinentes les recommandations formulées. Il a assuré que le SPF Budget et Contrôle de la gestion collaborerait aux solutions par le biais des instructions budgétaires de 2009 et des arrêtés d'application de la loi du 22 mai 2003.

On ne savait toutefois pas clairement si cette dernière serait intégralement appliquée. La Cour des comptes a dès lors souligné, dans sa réponse du 18 avril 2008 au secrétaire d'État au Budget, que l'entrée en vigueur de la loi du 22 mai 2003 satisfait en effet certaines recommandations pour autant que toutes les dispositions de la loi soient intégralement appliquées aux services administratifs disposant d'une autonomie comptable. Et c'est justement là que le bât blesse.

Dans la même lettre, la Cour des comptes a demandé au secrétaire d'État d'être tenue au courant de la nouvelle réglementation qui est préparée dans le cadre de la nouvelle loi sur la comptabilité pour les services administratifs disposant d'une autonomie comptable. Le secrétaire d'État n'a pas répondu à cette lettre. La Cour déduit de la notification du conseil des ministres du 26 septembre 2008 que la nouvelle loi ne s'applique qu'aux départements pilote au sein desquels est lancé le projet FEDCOM et non aux services de l'État à gestion séparée.

Pourquoi n'a-t-il pas été répondu à la lettre susmentionnée? Y a-t-on répondu entre-temps ? Dans quel sens?

Pourquoi la nouvelle loi ne s'applique-t-elle pas aux services de l'État à gestion séparée, tel que recommandé par la Cour des comptes?

Il n’a pas été immédiatement répondu à la lettre de la Cour des comptes du 18 avril 2008 puisque à cette date, des incertitudes existaient encore quant à l’entrée en vigueur de la loi du 22 mai 2003 portant organisation du budget et de la comptabilité de l’État fédéral.

Comme la mise en oeuvre cohérente de la réforme budgétaire et comptable implique que l'ensemble des conditions opérationnelles soient réunies à la date d'entrée en vigueur de la loi du 22 mai 2003 portant organisation du budget et de la comptabilité de l'État fédéral, la loi-programme du 22 décembre 2008 a finalement reporté l’entrée en vigueur du chapitre II du Titre III de la loi du 22 mai 2003 précitée, relatif aux services administratifs à comptabilité autonome (Services d’État à gestion séparée) au plus tard au 1er janvier 2012, et ce, tant pour les Services publics fédéraux (SPF) pilotes au projet FEDCOM que pour les autres SPF. Les dispositions des lois sur la comptabilité de l’État, coordonnées le 17 juillet 1991, relatives aux services d’État à gestion séparée sont donc toujours d’application.